甲氨基阿维菌素和阿维菌素是两种常用的抗生素，它们在治疗感染性疾病时都有一定的疗效。但是，这两种药物在化学结构、作用机理、适应症和不良反应等方面都有所不同。

首先，甲氨基阿维菌素和阿维菌素的化学结构不同。甲氨基阿维菌素是一种氨基糖苷类抗生素，其分子结构中含有甲氨基苯甲酸和肌醇等基团。而阿维菌素则是一种多肽类抗生素，其分子结构中含有多个氨基酸残基。

其次，这两种药物的作用机理也不同。甲氨基阿维菌素主要通过抑制细菌蛋白质的合成来发挥抗菌作用，具有广谱抗菌作用，特别是对革兰氏阴性菌和肺炎克雷伯菌等耐药菌株有一定的敏感性。阿维菌素则主要通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥抗菌作用，对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌均有一定的抑制作用。

此外，这两种药物的适应症也不完全相同。甲氨基阿维菌素适用于呼吸道、泌尿道、淋病等感染性疾病的治疗，而阿维菌素则主要用于治疗革兰氏阳性菌引起的感染病例，如金黄色葡萄球菌感染、肺炎链球菌感染等。

最后，这两种药物的不良反应也有所不同。甲氨基阿维菌素的不良反应主要包括肝肾功能损害、听力损害、肌肉萎缩等，而阿维菌素的不良反应则主要包括过敏反应、肝功能损害等。

综上所述，虽然甲氨基阿维菌素和阿维菌素都是常用的抗生素，但它们在化学结构、作用机理、适应症和不良反应等方面都有所不同。因此，在使用这两种药物时，医生应根据患者的具体情况来选择合适的药物并在治疗过程中注意监测不良反应的出现。